BMW F650GS Dakar був випущений у серпні 2000 року як варіант моделі F650GS (з одноциліндровим двигуном). У той час BMW брала участь у ралі Париж-Дакар, а F650RR навіть переміг у класі мотоциклів у ралі Париж-Дакар-Каїр 2000 року. F650 Fanduro був замінений на F650GS (Gerende Strasse), щоб ще більше підкреслити ралійно-рейдовий імідж BMW. У порівнянні зі стандартним F650GS, F650GS Dakar відрізняється підвищеною прохідністю, більш довгою передньою і задньою підвіскою (+40 мм передній хід / +45 мм задній хід), захистом рук і збільшеним розміром передніх коліс з 19 до 21 мм. Розмір передніх коліс збільшено з 19 до 21 дюйма. Комбінація з 19-дюймових на стандартній моделі та 21-дюймових на позашляховій версії є такою ж, як і на більш пізніх (з 2008 року) F650GS (двоциліндровий, 19-дюймовий) та F800GS (позашляхова версія, 21-дюймовий). У цьому відношенні F650GS Dakar можна розглядати як попередника F800GS. Лобове скло і передні крила також були специфічними для Дакара. Він був доступний до 2007 модельного року, з невеликими змінами в специфікації (наприклад, подвійна свічка запалювання з 2004 модельного року).