BMW R Ninety Scrambler, як випливає з назви, був випущений у жовтні 2016 року (на японському ринку) як варіант скремблера на базі R Ninety. Це була друга модель у "серії спадщини", яка була створена на основі R Ninety. Сам R Ninety був моделлю, призначеною для кастомізації користувачем, тому розробка варіацій самою компанією BMW була передбачуваною. Зовні R Ninety характеризувався глушниками, встановленими зверху, як і моделі Scrambler минулих років, і, на відміну від родстера R Ninety, розмір передніх коліс був збільшений до 19 дюймів, а передня вилка була вертикальною. Базова конфігурація, що включала двоциліндровий двигун об'ємом 1169 куб.см з повітряно-масляним охолодженням і плоским розташуванням циліндрів (boxer twin), була подібною до моделі R Ninety. Підігрівачі зчеплення були стандартним обладнанням. 2021 модельний рік отримав такі зміни, як відповідність європейським нормам Євро 5, вибір режиму посадки під час дощу та на дорозі, а також USB-порт живлення. *Автомобілі, поставлені на японський ринок 1 вересня 2017 року або пізніше, були оснащені бортовим пристроєм ETC в стандартній комплектації.