1299 Panigale S Anniversario був спеціальною моделлю, представленою на WDW 2016 (World Ducati Week 2016) на автодромі Мізано в липні 2016 року. Вона була присвячена 90-річчю компанії Ducati. Лише 500 мотоциклів було випущено обмеженою серією по всьому світу, а табличка з серійним номером була розміщена на верхньому мосту. В основному ті ж технічні характеристики, що і у 1299 Panigale S, але з вдосконаленою системою трекшн-контролю і контролю пробуксовки, це була єдина модель в серії 1299 Panigale (за винятком Superleggera), яка отримала ліврею "Corse".