959 Panigale був випущений в 2016 році як супербайк середнього класу, слідом за моделями 848 (2008-), 848 Evo (2011-) і 899 Panigale (2014-). Як випливає зі зміни назви, робочий об'єм був збільшений у порівнянні з 899 Panigale, а двигун L-Twin Superquadro з рідинним охолодженням 959 Panigale тепер має об'єм 955 куб. см, що робить його більшим, ніж колишній флагманський 916, хоча він і належить до середнього класу. Цей більший робочий об'єм був досягнутий за рахунок збільшення ходу поршня двигуна 899 Panigale (898 куб. см) на 3,6 мм (той самий 100-міліметровий отвір). Він був встановлений на монококовій рамі, а електронні системи керування, такі як ABS, трекшн-контроль та управління гальмами двигуна, були пов'язані з трьома режимами їзди (гоночний/спортивний/вологий). Мотоцикл також мав швидкий перемикач передач і зчеплення з "прогресивним механізмом самообслуговування" з ефектом зчеплення "башмак". Передня і задня підвіски були повністю регульованими (передня: Showa / задня: Sachs), а маятник був двостороннім, як у 899 Panigale. Модель 959 Panigale випускалася до 2019 року, після чого з'явився новий Panigale V2 2020 модельного року. *Зображення показує модель, що відповідає європейському стандарту Євро-4. Така ж специфікація також доступна для Японії. Для регіонів з менш суворими нормами, таких як Північна Америка, також існувала версія без глушника.