У 2015 році, коли 1199 Panigale перетворився на 1299 Panigale, а об'єм двигуна "Superquadro" було збільшено до 1285 куб. см, з'явився Panigale R, окрема серія супербайків від 1299 Panigale. Модель "Superquadro", яка з 1980-х років випускалася в лінійці Ducati Superbike, була омологована для участі в чемпіонаті світу з супербайку (SBK). Регламент SBK передбачав, що двоциліндрові двигуни не можуть перевищувати 1200 куб.см (на той час), тому об'єм не міг бути збільшений, а "номер" був вилучений з назви, і мотоцикл став просто "Panigale R", розлучившись з моделлю 1299 Panigale. L-подібний двигун "Superquadro" з рідинним охолодженням об'ємом 1198 куб.см, відповідно до правил SBK, не був таким, як у попередника, 1199 Panigale R, але зі збільшеним ступенем стиснення і т.д., він тепер видавав максимальну потужність 205 к.с., що значно перевищує 195 к.с. 1199 Panigale R (специфікації в Японії), в той час як його суха вага зменшилася до 162 кг, що на 3 кг менше, ніж у попередньої моделі. Суху масу було зменшено до 162 кг, що на 3 кг менше, ніж у попередньої моделі. Для зменшення ваги використали карбоновий екстер'єр, титанові глушники (виробництва Akrapovic) і літій-іонну батарею. Передня і задня підвіски були електронно керовані компанією Öhlins, а також були встановлені різні електронні системи управління. ［Panigale R був останнім омологованим мотоциклом SBK, який був оснащений двоциліндровим двигуном L-twin. На зміну йому прийшов Panigale V4R (2019) з 998-кубовим двигуном V4.