Fusion SE, вища версія Fusion (1986-), вперше була представлена в 1994 році як "лімітована" модель у кількості лише 1 000 одиниць. Специфікації (відмінності від Fusion) на той час включали шкіряну оббивку сидінь і задній спойлер з вбудованим світлодіодом (LED, як його тоді називали) високо розташованим стоп-сигналом. У той час високо розташовані стоп-сигнали встановлювали і на автомобілі, і злиття мотоцикла і автомобіля знайшло своє відображення в цій моделі. Модель Fusion SE, яка повинна була випускатися обмеженою серією, була представлена в 1996 році зі "зміною кольору". Згодом серію Fusion було вилучено з каталогу, але відновлено (Fusion і Type X) у 2003 році на тлі подальшого буму біскутерів. Fusion SE також був відроджений як модель 2005 року на основі Fusion Type X (полегшена кастом-версія). У березні 2006 року вона зазнала незначних змін, а у вересні того ж року з'явилася ювілейна модель, присвячена 20-річчю від дня народження Fusion. Обмежений продаж. Це була остання модель Fusion SE і серії Fusion в цілому.