Версія Baja з'явилася разом з дебютом XR250 (Super XR), який став втіленням серії XR позашляховиків для бездоріжжя в позашляховий мотоцикл для використання на дорогах загального користування (в той час Honda називала його "сухопутним спортивним мотоциклом"). Цей мотоцикл, Super XR Baja, був офіційно відомий як XR BAJA (без індексу 250). Він випускався до 2003 модельного року, зазнавши кількох незначних змін, включаючи більший паливний бак (порівняно з XR250) наступного року.