Модель KR-1 була перероджена в KR-1S в 1989 році. Зміна моделі була спрямована, головним чином, на покращення зручності керування, а діапазон потужності був розширений з 8 000 об/хв до 9 000 об/хв, порівняно з попередньою моделлю. Це відбулося завдяки використанню поршнів з покриттям Defric (з низькими втратами) та електронного управління вихлопним пристроєм (KIPS). На базі KR-1S, з рамою і підвіскою, також модифікованими для полегшення експлуатації, через півмісяця після випуску KR-1S з'явилася SP-специфікація KR-1R. Однак KR-1S і KR-1R були останніми моделями 2-тактних гоночних мотоциклів Kawasaki.