Ninja 1000 - це модель, ексклюзивна для закордонного ринку, представлена у 2011 модельному році. Він побудований на базі "голого" Z1000, з кузовом, накритим обтічником, і упакований разом як туристичний мотоцикл. Z1000, на якому він базувався, еволюціонував до третього покоління в 2010 році (з повністю переглянутим чотирициліндровим двигуном рідинного охолодження, об'єм якого був збільшений до 1043 куб.см), і Ninja 1000 був побудований на цій платформі. Для європейського ринку модель отримала назву Z1000SX, і обидві моделі були ідентичні. 2014 року Ninja 1000 зазнав змін разом із Z1000, перетворившись на друге покоління (Z1000 був четвертим поколінням). 2017 року він продавався як внутрішня модель в Японії, а також в інших країнах. Незначні зміни. На 2019 EICMA (Міланський міжнародний мотоциклетний салон) був представлений наступний Ninja 1000 SX (модель 2020 року). У зв'язку зі зміною назви моделі, її розглядали як окрему модель і виділили в окремий розділ.