Ninja 250R був випущений у 2008 році, відродивши популярність 250-кубових спортивних мотоциклів на японському ринку. Однак Ninja 250R не був розроблений в першу чергу для японського ринку, а був глобальною стратегічною моделлю для продажу в Південно-Східній Азії та інших країнах по всьому світу, виробництво відбувалося в Таїланді. Це стало однією з причин успіху Ninja 250R (він був дешевшим за моделі Estrella та KLX250 того ж року і дешевшим за ZZR250 2002 року), оскільки його ціна була нижчою за 500 000 ієн. Ninja 250R оснащувався 249-кубовим 4-тактним двоциліндровим двигуном з рідинним охолодженням і паралельним розташуванням циліндрів, який, незважаючи на свій суперспортивний вигляд, мав практичні характеристики потужності в діапазоні середніх і низьких швидкостей. Рама та шасі не мали чітких специфікацій 250-кубових спортивних мотоциклів минулого, але його загальна привабливість, включаючи спритну керованість та хорошу реакцію на дросельну заслінку, спричинену акцентом на низьких та середніх швидкостях, призвела до його високої популярності. До появи Ninja 250R у вітчизняному модельному ряді не було спортивних мотоциклів з повним обтічником протягом декількох років, але після цього успіху Honda, Suzuki і Yamaha також представили спортивні мотоцикли з повним обтічником в тому ж класі. Єдиною зміною моделі Ninja 250R стала нова панель приладів у 2011 модельному році, за якою послідували зміни кольору та спеціальні лімітовані серії екстер'єру, доки в липні 2012 року не з'явилася Special Edition, а наступного року Ninja 250 передав естафету своєму наступникові.