Ninja ZX-6R, який з 1995 року продавався як суперспорт з робочим об'ємом двигуна 600 куб.см, зазнав кількох модельних змін, а в 2002 році його оснастили рядним чотирициліндровим двигуном з робочим об'ємом, збільшеним з 599 куб.см до 636 куб.см. Однак у 2003 році окремо від 636-кубового Ninja ZX-6RR був представлений Ninja ZX-6R з робочим об'ємом 599 куб.см, який був гоночною моделлю. Ninja ZX-6RR проіснував у лінійці чотири роки - K1 (2003), M1 (2004), N1 (2005) і N6F (2006) - і поділяв зовнішність з ZX-6R тієї ж епохи (B-тип для K1 і M1, C-тип для N1 і N6F). Однак це були не просто моделі зі зменшеним робочим об'ємом, але й гоночні характеристики, такі як використання полегшених кованих поршнів (K1) і більшого діаметру впускних клапанів (M1). У 2007 році Ninja ZX-6RR зазнав повної зміни моделі, робочий об'єм знову був повернутий до 599 куб.см, а ZX-6RR зник, поглинутий ZX-6R (P-type). зник, поглинутий ZX-6R (P-type).