Ninja ZX-9R, який з'явився в 1994 році, не був "копією гонщика", незважаючи на те, що мав повний капот. Це було пов'язано з тим, що в гонках Супербайк в той час верхня межа робочого об'єму чотирициліндрових мотоциклів становила 750 куб. см, тому його копією була модель ZXR750, за якою в подальші роки послідувала Ninja ZX-7R. Концепт Ninja ZX-9R був не реплікою, а справжнім суперспортивним мотоциклом. Він позиціонувався як Ninja другого покоління, оскільки його поява в 1994 році відбулася через 10 років після дебюту GPZ900R Ninja (1984). Початковий Ninja ZX-9R мав код ZX900B1, з двигуном, заснованим на чотирициліндровому агрегаті з рідинним охолодженням від ZXR750, об'єм якого збільшили до 899 куб.см, розвиваючи 139 к.с., а також використовуючи перевірену систему Ram Air від ZZR1100 (Ninja ZX-11). 4 роки по тому, в 1998 році, Ninja ZX-9R У 1998 році відбулася повна зміна моделі, яка призвела до еволюції до C-типу (ZX900C1). Тут базовий двигун був замінений на Ninja ZX-6R. У 2004 році з'явився новий суперспорт - Ninja ZX-10R, інтегрований з Ninja ZX-7R. Ninja ZX-9R іноді називали "магічною дев'яткою", оскільки його 900-кубовий робочий об'єм мав особливе значення для Kawasaki, як і в моделях Z1 (900 Super 4) та GPZ900R (Ninja).