Моделі ZRX1100 та ZRX1200-II були модернізовані, а серія ZRX1200 була запущена в 2001 році з першою напівкапотною версією ZRX. ZRX1200S був моделлю, більш пристосованою для подорожей, з великим обтічником на рамі, що захищав від вітру, та дволітровою фарою, а його базова комплектація, що включала рядний чотирициліндровий двигун DOHC з рідинним охолодженням об'ємом 1164 куб.см, була такою ж, як і у версії з бікіні-капотом. Базова конфігурація була такою ж, як і у ZRX1200R у версії з бікіні-капотом. ZRX1200S продавався в Японії з 2001 року ZR1200B1 до 2004 року B4. В останньому, 2004 році, ZRX1200S зазнав тих же незначних змін, що і ZRX1200R, включаючи зміну максимальної потужності та інших показників (на 5 к.с. менше, але з максимальним крутним моментом при 3500 об/хв), перехід на повномасштабні датчики та вихлопні труби з полірованої нержавіючої сталі. Серія ZRX1200 стала ZRX1200 Daeg в 2009 році, але версії з напівкапотом не було, а за 20 років існування серії з 1997 року (ZRX1100), версії з напівкапотом існували лише чотири роки.