Thruxton 1200R, представлений у 2016 році, був високопродуктивною моделлю в новій лінійці Bonneville з водяним охолодженням. Назва Thruxton походить від гонок на витривалість, які раніше проводилися на трасі Thruxton у Великобританії, а моделі Bonneville з повітряним охолодженням з назвою Thruxton також існували в епоху повітряного охолодження і вважалися лідерами продуктивності в стилі кафе-рейсерів, і на цей раз вони отримали схожий характер Новий Thruxton з 1200-кубовим двигуном рідинного охолодження був доступний у двох моделях, Thruxton і Thruxton R. Спочатку на японському ринку був представлений тільки Thruxton R з посиленою підвіскою, але пізніше з'явився і небрендований Thruxton. 1200-кубовий двигун з рідинним охолодженням був доступний у двох варіантах: з високим крутним моментом та високою потужністю, перший використовувався на Bonneville T120, а другий - на Thruxton. Управління дросельною заслінкою здійснювалося за допомогою електричних сигналів, і можна було вибрати три режими: "Дорога", "Дощ" і "Спорт". Також були встановлені антипробуксовочна система, ABS, допоміжне зчеплення і роз'єм USB.