XJR1200, який дебютував у березні 1994 року, був виставлений в центрі стенду Yamaha на 30-му Токійському мотосалоні, що відбувся в попередньому році, і став великим хітом як найбільша у світі "гола" модель в Японії (на той час). XJR1200 був претендентом на великий ринок "голих" мотоциклів (Honda). Чотиритактний рядний чотирициліндровий двигун DOHC з повітряним охолодженням об'ємом 1188 куб.см, який перевершував своїх конкурентів, був створений на основі двигуна для FJ1200. Нова система впуску та вихлопу усунула нестачу крутного моменту на низьких та середніх обертах, яка була характерною для чотирициліндрових двигунів з повітряним охолодженням. Для забезпечення стабільного охолодження був встановлений масляний радіатор в 1,4 рази більшої ємності, ніж у FJ1200. XJR став другою моделлю в серії XJR після XJR400, представленої в 1993 році. 95 модель отримала передні гальмівні супорти Brembo, а модель 1996 року - ще більший масляний радіатор. У 1998 році естафета перейшла до його наступника, XJR1300, який завершив свою роль.