YZF-R1, який дебютував у 1998 році, викликав сенсацію серед гонщиків по всьому світу як мотоцикл, здатний на захоплюючі атаки на звивистих дорогах, таких як гірські перевали, був моделлю для заокеанського ринку, але також продавався в Японії як реімпортована модель. Оснащений чотирициліндровим п'ятиклапанним двигуном DOHC з рідинним охолодженням. Модель YZF-R1 змінювалася кожні два роки у 2000, 2002 та 2004 роках, а у 2007 році після вдосконалення моделі 2006 року з'явилося п'яте покоління. Шосте покоління (2009) отримало колінчастий вал "Crossplane Concept" і зазнало незначних змін у 2012 році. 2015 року модель перетворилася на мотоцикл для MotoGP, з основним акцентом на кільцеву їзду та перегони, а не на дороги загального користування. YZR-M1 відродився як найшвидша машина на треку, успадкувавши філософію YZR-M1. Анонсована в той же час гоночна модель YZF-R1M виявилася найшвидшою машиною на гоночній трасі в 2015 році в гонці Suzuka 8 Hours Endurance Road Race (Suzuka 8 Hours Endurance Race), принісши Yamaha першу перемогу за 19 років і четверту перемогу поспіль до 2018 року (і друге місце в 2019 році). Модель 2020 року зазнала значних змін. У 2020 модельному році відбулися значні зміни в двигуні, шасі, електронному управлінні та інших частинах автомобіля. Дизайн зберіг образ попередньої моделі, але, як кажуть, більше в стилі YZR-M1, машини MotoGP того ж періоду (це помітно по передній масці), а аеродинамічна ефективність покращилася більш ніж на 5%. Він також відповідав нормам Євро-5. *YZF-R1 також був доступний як вітчизняна модель з 2009 по 2014 модельний рік. Разом з анонсом моделі 2020 року було також оголошено, що модель для внутрішнього ринку буде відновлена з осені 2020 року (примітка: модель була запущена в серпні 2020 року). Модель 2022 року також була доступна як обмежена серія в кольорах 60-ї річниці WGP.