YZF-R3 був представлений у квітні 2015 року. В Японії YZF-R3 був представлений як версія YZF-R25 з більшим робочим об'ємом двигуна, яка вже була представлена в класі 250-кубових легких мотоциклів у грудні попереднього року, але насправді YZF-R3 позиціонувався як глобальна модель, призначена для світового ринку. Дизайн був ідентичний дизайну YZF-R25 (далі R25), який дебютував у попередньому році, з тим же об'ємом двигуна 320 куб.см (рядний двоциліндровий) і іншим передавальним числом шестиступінчастої коробки передач, що було механічною відмінністю. R25 був доступний у двох версіях, з ABS або без неї, тоді як YZF-R3 з моменту запуску був доступний лише з ABS. Офіційна назва моделі від Yamaha була YZF-R3 ABS. З того часу, починаючи з 2016 року, модель змінювалася зі зміною кольору та спеціальними кольоровими моделями, але фактично затверджений тип моделі був змінений для 2018 модельного року. Це було зроблено для того, щоб відповідати нормам викидів 2016 року, і хоча вага автомобіля дещо збільшилася, паливна ефективність була значно покращена. 2019 модель має новий дизайн капота. Передні вилки тепер перевернуті, а фара - світлодіодна, серед інших змін (європейські та американські специфікації були оголошені в жовтні 2018 року). Нова модель була запущена в Японії 10 червня 2019 року. YFZ-R3 - це ювілейна модель, присвячена 60-річчю вступу YFZ-R25 до WGP, яка надійде у продаж у червні 2022 року і відповідає нормам викидів 2020 року.