YZF-R9 був суперспортивною моделлю, яка була анонсована в жовтні 2024 року як нова модель 2025 року. Він був оснащений паралельним трициліндровим двигуном з робочим об'ємом 888 куб.см, який належить до того ж сімейства, що і двигун CP3, який використовувався в MT-09, XSR900 і Tracer 9. Іншими словами, зв'язок між YZF-R7 та MT-07 і XSR700 в двигуні CP2 був такий самий. Рама являла собою алюмінієвий дельта-бокс, розроблений спеціально для YZF-R9, і, як це характерно для суперспортивних рам, її жорсткість на кручення і поздовжня жорсткість була вищою, ніж у інших моделей двигунів CP3. При цьому вона була також легкою, лише рама важила всього 9,7 кг. Дизайн був більш гострим, підтримуючи напрямок серії YZF-R 2020-х років, і це була перша дорожня модель Yamaha, яка отримала крила. Кермо, що кріпиться під затискачами, було нижче, ніж на YZF-R7, але не так низько, як на гоночних моделях, і в істинній суперспортивній моді 2020-х років, були включені різні електронні системи управління, зосереджені навколо шестиосьового IMU (інерційного вимірювального блоку). Основні з них включали вибір режиму їзди, швидке перемикання передач, круїз-контроль, контроль запуску та контроль підйому. Він також мав механізм обмежувача швидкості, який міг встановлюватися водієм. На європейському ринку YZF-R1 використовувався лише для перегонів, а YZF-R9 був топовою суперспортивною моделлю для використання на дорогах загального користування (в Північній Америці YZF-R1 для використання на дорогах загального користування продовжував випускатися). *Станом на ранок 10 жовтня 2024 року інформації про появу YZF-R9 в Японії не було. → Об 11:00 того ж дня було оголошено про плани його впровадження в Японії з весни 2025 року.