YZF1000R був однією з нових моделей, анонсованих на 1996 рік на Паризькій виставці восени 1995 року. Позиціонується як вершина суперспортивних моделей Yamaha на заміну попередньої моделі FZR1000, рядний чотирициліндровий п'ятиклапанний двигун DOHC був майже повністю перероблений, хоча картер залишився спільним з FZR1000. Діаметр циліндра був трохи збільшений, а фактичний робочий об'єм збільшився до 1 002 куб.см. Рама представляла собою алюмінієву дельтаподібну коробку, що повторювала розміри YZF750R. YZF1000R, який був розроблений для розваг на дорогах загального користування в передмістях Європи, став попередником YZF-R1, який з'явився двома роками пізніше. Це було видно з того, що концепція раннього YZF-R1, який прагнув до гострих відчуттів на звивистих дорогах, була майже ідентичною концепції YZF1000R. Він отримав прізвисько Thunder Ace, як зазначено на капоті. *Тільки закордонна модель.