YZF600R, представлений в 1996 році, був розроблений в рамках концепції "Best Balance Supersport" і був орієнтований на європейський ринок. Він був оснащений 4-тактним, рядним чотирициліндровим, п'ятиклапанним двигуном DOHC з рідинним охолодженням, об'ємом 599 куб.см і встановлений на алюмінієвій рамі. Дизайн кузова був схожий на YZF1000R, який з'явився в тому ж році, і так само, як YZF1000R мав прізвисько Thunder Ace, YZF600R отримав прізвисько Thundercat. YZF600R був наступником моделі FZR600R, яка з'явилася в 1999 році, і продовжив розвиток моделі FZR600R. YZF-R6, і продовжив лінійку 600-кубових суперспортивних мотоциклів Yamaha (вони продавалися паралельно протягом декількох років). *Модель тільки для експорту.